Однако затем последовало отступление лета 1919 года, во многом обусловленное растянутостью коммуникаций, разногласиями в белом командовании, отсутствием пополнений. Был обвинён в «неспособности остановить отступление и разложение войск», заменён генералом К. В. Сахаровым и зачислен в резерв Ставки. С 6 октября 1919 — военный министр. В январе 1920 вошёл в состав «Троектории» — комитета из трёх членов правительства, которые в Иркутске взяли на себя руководство деятельностью кабинета министров в условиях распада режима Верховного правителя А. В. Колчака. В январе 1920 смог эвакуироваться в Китай (двое других членов «Троектории», А. А. Червен-Водали и А. М. Ларионов, были расстреляны по приговору Чрезвычайного революционного трибунала при Сибирском революционном комитете в июне 1920).
Некоторое время жил в Харбине. В 1928—1930 — начальник Дальневосточного отдела Русского общевоинского союза (РОВС). С октября 1933 работал чертёжником в исследовательском отделе ЮМЖД, занимаясь картографией и корректурой карт.
После занятия советскими войсками Маньчжурии был арестован 15 сентября 1945 года органами СМЕРШ в Дайрене. Провёл 10 лет в лагерях. В 1955 году находился в местной тюрьме в Ухте в Коми АССР. После освобождения жил в Орске (Оренбургская область) у сыновей, в Казахстане, умер в Джамбуле. Был похоронен в городе Джамбул (ныне Тараз) на старом кладбище в 5-м микрорайоне. В 2017 году прах М. В. Ханжина перезахоронен внучкой Мариной Ханжиной на Хованском кладбище (участок 11) в Москве.
Награды:
Орден Святого Станислава 2-й степени с мечами (1905)
Орден Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом (1905)
Орден Святой Анны 2-й степени с мечами (1907)
Орден Святого Георгия 4-й степени (19.09.1907)
Орден Святого Владимира 4-й степени (1912)
Орден Святого Георгия 3-й степени (12.07.1915)
Георгиевское оружие (10.11.1915).
Память:
О его судьбе снят документальный фильм «Возвращение генерала Ханжина».
В искусстве:
Генерал Ханжин является одним из персонажей художественного фильма «Гроза над Белой» (1968). Роль исполнил Ефим Копелян.
Семья:
Дядя: Вениамин Петрович Водопьянов (1865—1943) — войсковой старшина, автор военно-исторических трудов.
Литература:
Волков Е. В. Судьба колчаковского генерала: Страницы жизни М. В. Ханжина. Екатеринбург, 1999.
Ганин А. В., Семёнов В. Г. Ханжин Михаил Васильевич // Офицерский корпус Оренбургского казачьего войска. 1891—1945: Биографический справочник. — М.: Русский путь; Библиотека-фонд «Русское Зарубежье», 2007. — С. 585—586. — 676 с. — ISBN 978-5-85887-259-7.