Game of Genes

В этом году сотрудники нашей научной группы, Марина Протопопова и Василий Павличенко, прошли обучение по курсу «Секвенирование и анализ растительного генома» на базе Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН. Обучение стало возможным благодаря поддержке Президентского фонда природы (@fondprirody) и партнера нашего проекта – компании SkyGen. Основной нашей задачей было освоение подходов нанопорового секвенирования для дальнейшего анализа генома реликтовых растений.

Программа была максимально прикладной и интенсивной: 13 дней ежедневной работы по 8–9 часов. В роли преподавателей выступили ведущие эксперты в области анализа растительного генома, а также молодые биоинформатики из лаборатории геномики растений ИОГен РАН и Сколтеха.

За две недели нам удалось:
• ознакомиться с особенностями секвенирования растительного генома с упором на современные нанопоровые технологии
• самостоятельно подготовить библиотеки для нанопорового секвенирования геномов нескольких образцов растений
• пройти мастер-класс по анализу полученных библиотек на нанопоровом секвенаторе
• провести сборку экспериментального растительного генома
• выполнить аннотацию и предварительный анализ полученных геномов с помощью биоинформационных подходов
• получить удостоверения о повышении квалификации!

Главный итог курса – каждый участник уехал с самостоятельно собранным геномом! Полученные навыки и новые подходы мы обязательно интегрируем в текущие исследовательские проекты нашей научной группы, и, главным образом, для изучения генетического разнообразия реликтовых видов растений.

Выражаем огромную благодарность организаторам и лекторам за насыщенную программу, участливое отношение к студентам курса и мощный багаж практических знаний!
#GameOfGenes
#ФондПрироды
#ПрезидентскиеГранты

Дорогие подписчики, возможно, Вы помните пост про серебряный чемоданчик, и интригу о том, кто в нем обитает? Признаем, что интрига несколько затянулась в виду плотного полевого сезона. Но пора возвращаться в лабораторию 🧪🧬🔬 и представить ее нового обитателя! И это - микроспектрофотометр, один из самых востребованных и рутиных приборов для молекулярного биолога.

Что же он умеет, и почему мы его так любим?
🧬измеряет концентрацию ДНК/РНК в микрообъемах
🧬измеряет концентрацию суммарного белка в микрообъемах
🧬измеряет отношение А260/А280 для оценки чистоты препаратов нуклеиновых кислот
🧬оценивает плотность клеточной культуры в кювете по показателю OD600
🧬умеет выдавать чеки 😄

Долго хотели, долго искали, долго выбирали, и благодаря поддержке Президентского фонда природы (@fondprirody), наконец, мы его купили! Со своим отдельным прибором наша работа проходит быстрее и эффективнее🌿

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири

В этом году полевой сезон мы закрыли в первой половине августа на реке Большой Мамай (хребт Хамар-Дабан, южное Прибайкалье). Этот участок хребта является одним из ключевых для наших исследований реликтовых и других редких растений. Мы стараемся регулярно посещать эту территорию для наблюдений, учитывая растущую транспортно-туристическую нагрузку на нее. При поддержке Президентского фонда природы (https://max.ru/fondprirody) нам удалось побывать здесь и в этом году. Хотя Большой Мамай - едва ли не самое посещаемое нами место на хребте, оно остается одним из самых «недоохваченных» исследованиями. Дело в том, что расстояние, которое приходится преодолевать, в рамках дневного кругового маршрута составляет около 25 км. Тропа здесь далеко не самая сложная для Хамар-Дабана, но протяженность пути в горной местности и частые дожди накладывают свои ограничения. На саму работу в рамках одной дневной "вылазки" остается совсем немного времени и выход с маршрута обычно приходится уже на поздний вечер.

В этом году нашей целью традиционно были неморальные реликты, которые еще можно застать в субальпийском поясе в августе: весенник сибирский, ветреница байкальско
ая и примула Палласа.
Конечно, мы не обделили вниманием и сверцию байкальскую, давний объект наших исследований. Середина августа - это ее время: сверция начинает активно цвести, когда другие растения уже готовятся к осеннему покою. Также из виду не упустили вальдштейнию тройчатую, неморальный реликт горно-лесного пояса. В августе она и не думает готовиться к зиме и даже осенью уходит под снег совсем зеленой☘️

Что мы успели сделать за этот выезд:
🌿 Собрали образцы модельных видов для генетического анализа.
🌿 Оценили численность отдельных популяций исследуемых видов.
Теперь самое интересное нам предстоит уже в лаборатории. Осенней и зимний периоды будут посвящены генетичским анализам собранных материалов 🧬🧪🔎

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири

Помимо основного состава команды для выполнения проекта по изучению реликтовых растений, поддержаного Президентским фондом природы, мы привлекаем и волонтёров. Так, в рамках научного волонтерства у нас в лаборатории регулярно выполняют выпускные квалификационные работы студенты иркутских ВУЗов. На фото Дарья Данилова, наша выпускница бакалавриата (руководитель - Марина Протопопова), за выполнением своей дипломного проекта. Ее работа была посвященна определению предварительной филогеографической структуры примулы Палласа на хребта Хамар-Дабан.

Что же именно было сделано в рамках этой работы:
🌱 выделена ДНК из образцов примулы, принадлежащих 5 популяциям с хребта Хамар-Дабан
🌱 проведено секвенирование трех молекулярно-генетических маркеров
🌱 выявлено наличие пространственно-генетической структуры примулы на хребте и составлена предварительная карта-схема распределения пластотипов. Наличие структуры позволяет говорить о том, что популяции примулы, как и других изученных нами реликтов, сталкивались с изолирующими их факторами. Например, таким фактором могло быть положение плейстоценовых ледников.
🌱проведен и предварительный филогенетический анализ с привлечением генетических данных близкородственных таксонов.

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири

Хорошие новости: наш канал в MAX🌳🍀🧬 недавно стал публичным. Теперь нас можно найти по названию "Game of Genes", воспользоваться QR-кодом в карусели или ссылкой https://max.ru/channel_Game_of_Genes

Хоть мы и не профессиональные альпинисты, но до альпийских лугов регулярно доходим. Именно на альпийских лугах растут некоторые из объектов наших исследований. В большинстве случаев добраться до них можно без кошек, касок, веревок и ледорубов, но и без этих атрибутов можно подняться до потрясающе красивых мест. Любой человек, хоть раз побывавший в горах, стремится попасть туда снова и покорить новую для себя высоту. 8 августа отмечается международный день альпинизма. Поздравляем всех альпинистов и любителей горного туризма с этим праздником. До новых встреч в горах!!!