Game of Genes

В этом году сотрудники нашей научной группы, Марина Протопопова и Василий Павличенко, прошли обучение по курсу «Секвенирование и анализ растительного генома» на базе Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН. Обучение стало возможным благодаря поддержке Президентского фонда природы (@fondprirody) и партнера нашего проекта – компании SkyGen. Основной нашей задачей было освоение подходов нанопорового секвенирования для дальнейшего анализа генома реликтовых растений.

Программа была максимально прикладной и интенсивной: 13 дней ежедневной работы по 8–9 часов. В роли преподавателей выступили ведущие эксперты в области анализа растительного генома, а также молодые биоинформатики из лаборатории геномики растений ИОГен РАН и Сколтеха.

За две недели нам удалось:
• ознакомиться с особенностями секвенирования растительного генома с упором на современные нанопоровые технологии
• самостоятельно подготовить библиотеки для нанопорового секвенирования геномов нескольких образцов растений
• пройти мастер-класс по анализу полученных библиотек на нанопоровом секвенаторе
• провести сборку экспериментального растительного генома
• выполнить аннотацию и предварительный анализ полученных геномов с помощью биоинформационных подходов
• получить удостоверения о повышении квалификации!

Главный итог курса – каждый участник уехал с самостоятельно собранным геномом! Полученные навыки и новые подходы мы обязательно интегрируем в текущие исследовательские проекты нашей научной группы, и, главным образом, для изучения генетического разнообразия реликтовых видов растений.

Выражаем огромную благодарность организаторам и лекторам за насыщенную программу, участливое отношение к студентам курса и мощный багаж практических знаний!
#GameOfGenes
#ФондПрироды
#ПрезидентскиеГранты

Дорогие подписчики, возможно, Вы помните пост про серебряный чемоданчик, и интригу о том, кто в нем обитает? Признаем, что интрига несколько затянулась в виду плотного полевого сезона. Но пора возвращаться в лабораторию 🧪🧬🔬 и представить ее нового обитателя! И это - микроспектрофотометр, один из самых востребованных и рутиных приборов для молекулярного биолога.

Что же он умеет, и почему мы его так любим?
🧬измеряет концентрацию ДНК/РНК в микрообъемах
🧬измеряет концентрацию суммарного белка в микрообъемах
🧬измеряет отношение А260/А280 для оценки чистоты препаратов нуклеиновых кислот
🧬оценивает плотность клеточной культуры в кювете по показателю OD600
🧬умеет выдавать чеки 😄

Долго хотели, долго искали, долго выбирали, и благодаря поддержке Президентского фонда природы (@fondprirody), наконец, мы его купили! Со своим отдельным прибором наша работа проходит быстрее и эффективнее🌿

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири

В этом году полевой сезон мы закрыли в первой половине августа на реке Большой Мамай (хребт Хамар-Дабан, южное Прибайкалье). Этот участок хребта является одним из ключевых для наших исследований реликтовых и других редких растений. Мы стараемся регулярно посещать эту территорию для наблюдений, учитывая растущую транспортно-туристическую нагрузку на нее. При поддержке Президентского фонда природы (https://max.ru/fondprirody) нам удалось побывать здесь и в этом году. Хотя Большой Мамай - едва ли не самое посещаемое нами место на хребте, оно остается одним из самых «недоохваченных» исследованиями. Дело в том, что расстояние, которое приходится преодолевать, в рамках дневного кругового маршрута составляет около 25 км. Тропа здесь далеко не самая сложная для Хамар-Дабана, но протяженность пути в горной местности и частые дожди накладывают свои ограничения. На саму работу в рамках одной дневной "вылазки" остается совсем немного времени и выход с маршрута обычно приходится уже на поздний вечер.

В этом году нашей целью традиционно были неморальные реликты, которые еще можно застать в субальпийском поясе в августе: весенник сибирский, ветреница байкальско
ая и примула Палласа.
Конечно, мы не обделили вниманием и сверцию байкальскую, давний объект наших исследований. Середина августа - это ее время: сверция начинает активно цвести, когда другие растения уже готовятся к осеннему покою. Также из виду не упустили вальдштейнию тройчатую, неморальный реликт горно-лесного пояса. В августе она и не думает готовиться к зиме и даже осенью уходит под снег совсем зеленой☘️

Что мы успели сделать за этот выезд:
🌿 Собрали образцы модельных видов для генетического анализа.
🌿 Оценили численность отдельных популяций исследуемых видов.
Теперь самое интересное нам предстоит уже в лаборатории. Осенней и зимний периоды будут посвящены генетичским анализам собранных материалов 🧬🧪🔎

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири

Помимо основного состава команды для выполнения проекта по изучению реликтовых растений, поддержаного Президентским фондом природы, мы привлекаем и волонтёров. Так, в рамках научного волонтерства у нас в лаборатории регулярно выполняют выпускные квалификационные работы студенты иркутских ВУЗов. На фото Дарья Данилова, наша выпускница бакалавриата (руководитель - Марина Протопопова), за выполнением своей дипломного проекта. Ее работа была посвященна определению предварительной филогеографической структуры примулы Палласа на хребта Хамар-Дабан.

Что же именно было сделано в рамках этой работы:
🌱 выделена ДНК из образцов примулы, принадлежащих 5 популяциям с хребта Хамар-Дабан
🌱 проведено секвенирование трех молекулярно-генетических маркеров
🌱 выявлено наличие пространственно-генетической структуры примулы на хребте и составлена предварительная карта-схема распределения пластотипов. Наличие структуры позволяет говорить о том, что популяции примулы, как и других изученных нами реликтов, сталкивались с изолирующими их факторами. Например, таким фактором могло быть положение плейстоценовых ледников.
🌱проведен и предварительный филогенетический анализ с привлечением генетических данных близкородственных таксонов.

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири

Хорошие новости: наш канал в MAX🌳🍀🧬 недавно стал публичным. Теперь нас можно найти по названию "Game of Genes", воспользоваться QR-кодом в карусели или ссылкой https://max.ru/channel_Game_of_Genes

Хоть мы и не профессиональные альпинисты, но до альпийских лугов регулярно доходим. Именно на альпийских лугах растут некоторые из объектов наших исследований. В большинстве случаев добраться до них можно без кошек, касок, веревок и ледорубов, но и без этих атрибутов можно подняться до потрясающе красивых мест. Любой человек, хоть раз побывавший в горах, стремится попасть туда снова и покорить новую для себя высоту. 8 августа отмечается международный день альпинизма. Поздравляем всех альпинистов и любителей горного туризма с этим праздником. До новых встреч в горах!!!

Весенник сибирский — неизменный объект наших исследований и наблюдений🌸

Являясь весенним эфемероидом, он зацветает в лесном поясе раньше всех у нас в регионе — еще в конце марта. В горах, как известно, весна приходит позднее, поэтому его цветение можно наблюдать вплоть до середины июля. Делимся фотографиями высокогорных «весенниковых» лугов, сделанными в течение наших последних работ на хребте Хамар-Дабан в рамках выполнения гранта Президентского фонда природы.
В этом году лето никак не хотело приходить, поэтому снежники начали отступать только в начале июля. Создалось ощущение, что растения с удвоенной скоростью пытаются «все успеть» за оставшийся короткий сезон: кто-то уже отцветает, а совсем рядом кто-то только-только всходит...

Хребет Хамар-Дабан, Байкальский государственный заповедник, 3 июля 2026

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири #БайкальскийЗаповедник

НАША «ЗАПОВЕДНАЯ» ЭКСПЕДИЦИЯ ПО ДВУМ ОСИНОВКАМ ЗАВЕРШИЛАСЬ НА БЕРЕГУ БАЙКАЛА🌿

На прошлой неделе завершилась наша экспедиция в Байкальском заповеднике, проведенная при поддержке Президентского фонда природы. За 17 дней мы прошли маршруты по двум рекам северного макросклона хребта Хамар-Дабан, имеющих одинаковое название «Осиновка». Первая часть экспедиции была проведена вдоль р. Осиновка («мишихская»), устье которой расположено вблизи поселка Мишиха, с базированием на научном стационаре «Чум». Вторая – прошла вверх по р. Осиновка («танхойская») от поселка Танхой с базированием на стационаре «Медвежий угол». Не обошлось и без вынужденного простоя из-за капризов погоды (иркутяне точно помнят «потопы» в первую половину июля). Несмотря на дожди, нам все же удалось «поймать» погодные окна и преодолеть пешком более 70 км (с учетом радиальных выходов и обратного пути). Мы провели исследования во всех высотных поясах: от горно-лесного до субальпийских лугов и горной тундры. В наши задачи входил сбор образцов реликтовых и других редких растений☘ для молекулярно-генетического анализа🧬, а также предварительная оценка состояния и численности отдельных популяций✍📈. Со всеми задачами мы успешно справились, и о их выполнении дополнительно расскажем в следующих публикациях.

Поскольку большинство рек северного макросклона хребта Хамар-Дабан впадают напрямую в озеро Байкал, то неудивительно, что наша экспедиция финишировала непосредственно на его берегу (первое фото). Фактически с побережья мы и отправились обратно в Иркутск на самом надежном (особенно в текущее время) транспорте – 🚂РЖД.

Общая информация:
Руководитель: Марина Протопопова
Основные участники: Василий Павличенко, Полина Нелюбина
Научный консультант по флоре (Байкальский заповедник): Наталья Гамова
Партнер проекта: ФГБУ «Байкальский государственный заповедник»

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #РеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #эндемики #редкиевиды #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь #ЮжнаяСибирь #ГорыЮжнойСибири #БайкальскийЗаповедник

Продолжаем сезон конференций 2026 года🌿

На прошлой неделе завершилась Всероссийская конференция с международным участием “Устойчивость растений и микроорганизмов к неблагоприятным факторам среды”, приуроченная к 65-летию нашего института (СИФИБР СО РАН). В рамках мероприятия обсуждались стратегии адаптации растений и микроорганизмов к различным стрессовым факторам и их использование в сфере биотехнологий. Отдельное внимание уделили механизмам устойчивости экосистем и сохранению биоразнообразия в условиях меняющегося климата и техногенного прессинга.

Конференция проводилась вблизи пос. Листвянка на живописном побережье озера Байкал⛵️

В рамках мероприятия наш аспирант Полина Нелюбина (научный руководитель – Марина Протопопова) поделилась результатами, полученными в рамках гранта Президентского фонда природы и своей диссертационной работы. Доклад был посвящен особенностям формирования филогеографической структуры ветреницы алтайской, редкого реликтового растения.

Из доклада можно было узнать:
🌸почему ветреница алтайская является реликтом и зачем ее изучать;
🌸какие историко-климатические предпосылки способствовали формированию ее современного ареала и генетической структуры;
🌸какую роль сыграли горы Байкальской Сибири в сохранении популяций этого растения;
🌸как полученные данные могут быть использованы для разработки стратегий сохранения этого редкого вида.

Ввиду активного полевого сезона, наш второй доклад был вынесен на заочную сессию. Василий Павличенко и Марина Протопопова представили результаты исследований эффекта агробактериальной трансформации тополя берлинского геном гиббереллин-2-оксидазы из резуховидки Таля.

В материалах доклада мы рассказали:
🌳о том, как конститутивная сверхэкспрессия гена гиббереллин-2-оксидазы вызывает формирование карликовой формы у растений;
🌳в чем практический интерес получения деревьев с карликовым габитусом;
🌳какие основные и побочные эффекты трансформации мы обнаружили у тополя

Более подробно с материалами конференции можно ознакомиться по ссылке: http://www.sifibr.irk.ru/images/conference/plantstress2026/plantstress_sifibr_2026.pdf
Наша команда искренне благодарит организаторов конференции за высокий уровень мероприятия!

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #ПроектРеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #БайкальскаяСибирь #ОзероБайкал

Сибирское лето весьма скоротечно, и нам нужно многое успеть за короткий экспедиционный сезон. На этот раз при поддержке Президентского фонда природы наша команда работает в Байкальском заповеднике.

В наши основные задачи входит:
🧬собрать образцы редких и реликтовых видов растений для молекулярно-генетических исследований;
🌱оценить состояние и численность отдельных популяций.

О результатах расскажем чуть позже, а пока небольшое фотосопровождение🌿🏔🏕

#ФондПрироды #ПрезидентскиеГранты #ПроектРеликтыХамарДабана #GameOfGenes #ХамарДабан #реликтовыерастения #реликты #Байкал #ОзероБайкал #БайкальскаяСибирь