UNION и UNION ALL — когда строки исчезают без ошибок!

UNION удаляет дубликаты по всем выбранным колонкам, сравнивая строки целиком, поэтому результат может отличаться от ожиданий.
SELECT message FROM logs_app
UNION
SELECT message FROM logs_system;

Одинаковые message схлопнутся в одну строку, даже если это разные события — ошибки не будет.

UNION ALL не удаляет строки из результата запросов, поэтому почти всегда работает быстрее:
SELECT message FROM logs_app
UNION ALL
SELECT message FROM logs_system;

Для логов полезно явно добавлять источник:
SELECT 'app' AS src, id, message FROM logs_app
UNION ALL
SELECT 'system' AS src, id, message FROM logs_system
ORDER BY src, id;

Пересечение (INTERSECT) в MySQL не поддерживается, альтернатива:
SELECT DISTINCT a.message
FROM logs_app a
WHERE EXISTS (SELECT 1 FROM logs_system s WHERE s.message = a.message)
LIMIT 10;

Если хотите увидеть, какие строки пропадут при UNION из-за совпадений между таблицами, используйте UNION ALL и проверяйте строки, встречающиеся в обоих источниках:
SELECT message, COUNT(*) AS cnt, COUNT(DISTINCT src) AS sources
FROM (
SELECT message, 'app' AS src FROM logs_app
UNION ALL
SELECT message, 'system' AS src FROM logs_system
) t
GROUP BY message
HAVING sources > 1;

UNION — когда нужна дедупликация, UNION ALL — когда важна каждая строка и производительность.

SQL Ready | #практика