deepcopy копирует всё, до чего дотянется, включая то, что вы копировать не собирались

Знакомая поломка: конфиг сложили в словарь, сделали copy.copy, поправили вложенный список в клоне и увидели правку в оригинале. Новый контейнер получает те же ссылки на вложенные объекты.

copy.deepcopy идёт по графу рекурсивно и ведёт словарь memo: каждый скопированный объект запоминается по id. Циклическая ссылка поэтому не уводит копирование в бесконечность, а два поля, смотревшие на один список, в копии тоже смотрят на один. Плата — обход всего графа: объект, который держит открытый сокет или пул соединений, deepcopy либо уронит, либо утащит за собой пол-приложения.

Поведение настраивается методами __copy__ и __deepcopy__: класс сам решает, что воспроизвести заново, а что отдать по ссылке.

Разбор поверхностной и глубокой копии — в статье на dev.to.

#python