Патриаршие пруды называются во множественном числе, хотя пруд там один. Название осталось с тех времён, когда прудов было несколько.

До XVII века здесь лежало Козье болото. Неподалёку разводили коз, их шерсть шла к царскому двору. От болота пошли названия Большого и Малого Козихинских переулков.

В начале XVII века здесь устроил резиденцию патриарх Гермоген, и на месте болота выросла Патриаршая слобода. В 1683 году патриарх Иоаким велел осушить болота и вырыть три рыбных пруда. Дорогую рыбу к патриаршему столу разводили в Пресненских прудах, а здесь — дешёвую. От трёх прудов получил имя Трёхпрудный переулок, который прежде звался «Три прудка».

После отмены патриаршества пруды забросили, и место снова заболотилось. После пожара 1812 года три пруда засыпали и оставили только Патриарший. Его вычистили и разбили вокруг маленький сквер.

В 1932 году водоём переименовали в Пионерские пруды. В 1992 году ему вернули старое имя, и тоже во множественном числе.