Строительство началось в 1909 году по инициативе Агвана Лобсана Доржиева, бурятского ламы и представителя духовного лидера тибетского буддизма XIII Далай-ламы. 

Проект разработал Гавриил Барановский. 

Освящение дацана прошло 24 августа 1915 года.

В 1990 году храм вернули буддийской общине. В 1991 году храм получил нынешнее название — Дацан Гунзэчойнэй, что является его тибетским именем, данным ему при освящении.