У кошек разный цвет глаз (или неравномерная окраска в пределах одного глаза) называется гетерохромией. Это результат неравномерного распределения пигмента меланина в радужной оболочке.

         Почему возникает гетерохромия
Врождённая гетерохромия чаще всего связана с генетикой. Во время развития эмбриона клетки-меланоциты (производящие пигмент) могут мигрировать в радужную оболочку глаза не совсем равномерно. Если в один глаз пигмент попадает в достаточном количестве, а в другой — нет, или распределение оказывается разным, то глаза получаются разного цвета.
Генетическая связь с окрасом шерсти тоже важна. Доминантный ген белого окраса (W) влияет не только на цвет шерсти, но и на миграцию меланоцитов. Если эти клетки не достигают одного из глаз, он остаётся голубым (так как в строме радужки почти нет пигмента, и свет преломляется так, что мы видим голубой оттенок).
Породные особенности. Некоторые породы предрасположены к гетерохромии, особенно те, где белый окрас встречается чаще (турецкий ван, турецкая ангора, као мани). 
Приобретённая гетерохромия появляется, если цвет глаз изменился уже у взрослой кошки. Её могут вызвать:
1.травмы глаза; 
2.воспаления (увеит); 
3.новообразования (меланома радужки); 
4.некоторые заболевания (лейкемия, нейробластома, диабет); 
5.длительное применение некоторых глазных капель (например, при глаукоме). 
6.Виды гетерохромии
Различают несколько типов:
7.Полная: каждый глаз полностью окрашен в свой цвет (например, один голубой, другой — зелёный или медный).
8.Секторальная (частичная): на одном глазу есть сектор другого цвета. 9.Кольцевая (центральная): вокруг зрачка формируется кольцо, отличное от основного цвета радужки.