Если директорский ключ у бухгалтера, всё подписанное считается подписанным директором лично.

По факту, директор отвечает за документы, которых не видел. Бухгалтеру чужая подпись сыграет в минус, если дело дойдёт до банкротства и его начнут проверять как контролирующее лицо

И ФНС вправе аннулировать ключ руководителя, если решит что тот утратил контроль.

Что можно сделать:
1. Выпустить бухгалтеру УКЭП на его имя.
2. Оформить МЧД на конкретные полномочия.
3. Директорский ключ держать у директора.

Если уволили бухгалтера, то отзываете МЧД через реестр ФНС в тот же день.