К сотрудникам федеральных ведомств в Благовещенске относятся:

Управление МВД России по Амурской области (полиция, следствие, дознание).
Пограничное управление ФСБ России по Амурской области (пограничная служба). 
Управление Федеральной налоговой службы (УФНС) по Амурской области (налоги, проверки).
Управление Федеральной службы судебных приставов (УФССП) по Амурской области (исполнение судебных решений). 
Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор) по Амурской области. 
Управление Федеральной антимонопольной службы (УФАС) по Амурской области (контроль за конкуренцией). 
Управление Федеральной службы государственной регистрации, кадастра и картографии (Росреестр) по Амурской области (регистрация прав на недвижимость, кадастр).
Территориальный орган Росздравнадзора по Амурской области (надзор в сфере здравоохранения).
Амурстат (территориальный орган Росстата — сбор и анализ статистической информации).
Управление Министерства юстиции РФ по Амурской области (регистрация НКО, контроль за адвокатурой и нотариатом). 
Федеральное агентство по управлению государственным имуществом (территориальное управление — распоряжение федеральной собственностью). 
Представительство Министерства иностранных дел РФ в Благовещенске (координация международных и внешнеэкономических связей на региональном уровне). 
Государственная инспекция труда в Амурской области (надзор за соблюдением трудового законодательства).
Управление Федеральной службы исполнения наказаний (УФСИН) по Амурской области (исполнение уголовных наказаний).
Отдел Государственной фельдъегерской службы в Благовещенске (специальная связь).