🧬 KaML: химические свойства белка — из его последовательности

🧬 KaML: химические свойства белка — из его последовательности
📅 24 октября 2026 · рецензируемая статья в Nature Communications
Это журнальная публикация работы, ранее доступной как препринт.
Исследователи Университета Мэриленда научили модели на базе ESM предсказывать pKa — показатель, помогающий понять, при какой кислотности отдельные участки белка меняют заряд. Для такого прогноза не нужна готовая 3D-структура.
Экспериментальная база: 1205 значений pKa из 285 белков, дополненных синтетическими данными. По результатам авторов, на тесте из 160 значений в 36 белках среднеквадратичная ошибка составила 0,52–0,56 единицы pKa. Отдельно рассчитан атлас для 18 192 человеческих белков — это предсказания, а не столько новых лабораторных измерений.
Польза — отбор участков для изучения функции белков и подготовка молекулярных симуляций. Но на 89 искусственно изменённых глубоко расположенных остатках ошибка резко растёт. Сравниваемые модели не переобучали на одинаковых данных; лечебный эффект работа не проверяет.
Есть веб-интерфейс и код. Использование ограничено некоммерческими целями; коммерческое требует отдельного разрешения авторов. Работа моделей нами не тестировалась.
Исследование · Код · Веб-интерфейс · CC BY 4.0
Рисунок 5: M. Shen, G. W. Dayhoff II, D. Kortzak, J. Shen; фрагмент страницы статьи, CC BY 4.0.
#Science #AIдляНауки #Биотехнологии